Suomen Japanin instituutin toiminnan keskiössä on tiede. Tarkoituksena on vahvistaa yhteistyötä olemassa olevien toimijoiden kanssa mutta myös kartoittaa yhteistyömahdollisuuksia uusien toimijoiden kanssa. Toiminnassa huomioidaan alueellinen levittäytyminen ja sen päämääränä on
- Pitkäjänteisen yhteistyön rakentaminen ja vahvistaminen Suomen ja Japanin yliopistojen välille
- Suomen ja Japanin yliopistojen ja tutkimuslaitosten välisen tutkimusyhteistyön lisääminen ja tukeminen
- Tutkijoiden ja liikkuvuuden lisääminen ja tukeminen
- Nuorten tutkijoiden jatko-opiskelumahdollisuuksien lisääminen ja tukeminen
- Opiskelijaliikkuvuuden lisääminen ja tukeminen
- Tiedonvälityksen lisääminen
- Tavoitteiden mittaaminen